En el caso de aplicaciones de alta pureza, el criterio principal para limpiar frente a reemplazar es el paso de sales. Cualquier aumento en el paso de sales a los desmineralizadores puede ser suficiente justificación financiera para el reemplazo. Por ejemplo, incluso una ligera disminución en el rechazo de sales de 99,6% a 99,2% puede no parecer molesto para alguien que trata el agua salobre para una aplicación potable. Pero en una aplicación de alta pureza que emplea generalmente desmineralizadores de lechos mixtos para pulir el permeado de OI, la cantidad de sales que han de ser eliminadas por el sistema desmineralizador se duplicaría, lo que a su vez duplica el número de ciclos de regeneración. Esto corresponde a la duplicación de los costos de ácido, soda cáustica, y los costos de neutralización conducirían a la decisión de si reemplazar o limpiar.
El incremento en el paso de sales acompañado por una mayor presión diferencial y/o una reducción en el flujo de permeado normalizado sugerirían que la disminución del rechazo de sales es el resultado de la incrustación/ensuciamiento y que la limpieza puede mejorar la calidad del permeado. Sin embargo, si la calidad del permeado no se recupera después de la limpieza, se puede suponer que la pérdida de rechazo sales es permanente y que el reemplazo de la membrana es necesario.