El dióxido de cloro es un biocida altamente potente que tiene una mayor eficacia que el hipoclorito en la destrucción de protozoos, bacterias y virus, sin permitirles construir una tolerancia. Es eficaz en un amplio rango de pH como biocida y metal precipitante y ha ganado popularidad debido a que crea concentraciones significativamente menores de subproductos de desinfección tales como trihalometanos (THM’s) y ácidos haloacéticos (HAA’s) en comparación con el cloro. Sin embargo, al menos un estudio ha demostrado que la formación de THM sigue siendo significativa cuando naturalmente la Materia Orgánica Natural (NOM) como los ácidos húmicos están presentes (A.A.Stevens, “Reaction Products of Chlorine Dioxide”, 1982).
El dióxido de cloro es un oxidante potente y puede dañar las membranas de poliamida de ósmosis inversa (OI), por lo que un agente reductor como el bisulfito de sodio se dosifica generalmente como medida de precaución.
El dióxido de cloro puede usarse en el permeado pero sólo en dosis bajas porque se reduce a iones de clorito y clorato que pueden causar anemia y afectar al sistema nervioso. En los Estados Unidos, la EPA limita el residual permitido de dióxido de cloro en agua potable a 0,8 ppm.